Kdy se v Malém Boru začalo vyučovat, nelze přesně určit, škola zde snad existovala již za Karla IV. Dřevěná škola s jednou třídou zde byla už v 15. století.
Dle farní kroniky náležel sem kostelem a školou, mimo Malý Bor a Břežany, i župní hrad Prácheň, obec Malé Hydčice, Tejnice (Týnec), Hliněný Újezd, Třebomyslice i vzdálený Pačejov (Pačív), Velešice a Týřovice. Poslední tři se teprve roku 1843 domohly vlastního kostela a školy.
Žáků bylo tolik, že se někdy pro velký počet dětí vyučovalo i po domech. Místní školu navštěvovaly původně děti i z okolních obcí, ale od roku 1964 už jen děti z Malého Boru. V roce 1978 byla škola v Malém Boru zrušena a od té doby všechny děti dojíždějí do školy v Horažďovicích.
Od roku 1946 byla v budově národní školy umístěna mateřská školka. Stejně jako u základní školy docházelo po roce 1990 i zde k postupnému poklesu počtu dětí. Školka byla proto zrušena a děti byly převedeny do mateřské školky v Horažďovicích.
